- El tramo del río Manzanares aguas abajo del embalse de Santillana hasta la presa del Embalse del Pardo, como consecuencia de su inclusión en el Parque Regional de la Cuenca Alta del Manzanares, al margen de la protección que disfruta el citado río en sus tramos trucheros. El perímetro del embalse del Manzanares salvo en los tramos definidos como acotado.

- Se permite la pesca con reteles del cangrejo rojo o señal desde el embalse de Santillana hasta el cruce del río Manzanares con la carretera M-607.

- El río Cofio, en el tramo comprendido desde el punto de cruce con la carretera M-505 hasta la desembocadura en el embalse de San Juan, desde el 1 de febrero hasta el 15 de agosto, ambos inclusive, al objeto de proteger la fauna amenazada de extinción, a excepción del tramo comprendido entre el puente romano y el cruce de la carretera de Valdemaqueda a Robledo, en que se permitirá la pesca del cangrejo rojo de las marismas o americano (Procambarus clarkii).

- El río Lozoya, 400 metros aguas abajo, desde la presa de El Villar, hacia el embalse de El Atazar, y el tramo comprendido entre la presa de este último y la presa del Pontón de la Oliva, en el término municipal de Patones.

- El tramo del río Lozoya entre las presas de Puentes Viejas y el Tenebroso.

- El tramo señalizado del río Lozoya en el embalse de Pinilla en el margen de las instalaciones del Canal de Isabel II.

- El tramo del río Perales entre la presa del embalse de Cerro Alarcón, al noroeste de Quijorna y la confluencia del arroyo de la Oncalada que desciende de Chapinería, al norte de Aldea del Fresno, para proteger la única población de la especie pardilla (Rutilus lemmingii) gravemente amenazada. En este tramo se autoriza la pesca del cangrejo rojo de las marismas o americano (Procambarus clarkii).

- Los tramos del río Jarama colindantes con la provincia de Guadalajara, con el objetivo de unificar criterios de gestión se mantendrán vedados para la pesca del cangrejo durante todo el año.

- La margen de la Laguna del Campillo, definido en el sentido de las agujas del reloj, desde el observatorio de aves que se encuentra situado enfrente de la nave techada de la fábrica de viguetas hasta el inicio de la lengua de tierra situada frente al Centro de Educación Ambiental. De conformidad con el PRUG del Parque del Sureste, estará vedado todo el perímetro de los meses de noviembre a marzo.

- De conformidad con la Ley 7/1990, de 28 de junio, de Protección de Embalses y Zona Húmedas de la Comunidad de Madrid: La laguna del Campillo, salvo el tramo definido como “captura y suelta” en el Anexo X, y laguna de los Veneros o del Soto de las Juntas, en Rivas-Vaciamadrid; lagunas de Velilla, el Picón de los Conejos y de el Sotillo, en el término municipal de Velilla de San Antonio; laguna de San Juan, laguna de Casasola y laguna de San Galindo, en Chinchón; la laguna de Horna, en Getafe; la laguna del Soto de las Cuevas, Humedal del Carrizal de Villamejor y el Soto del Lugar, en el término municipal de Aranjuez; laguna de Cerro Gordo, en el término municipal de San Fernando de Henares; lagunas de Belvis, en Paracuellos del Jarama y la Reserva Natural del mar de Ontígola. Todos ellos, como humedales catalogados no autorizados y ni señalizados para este fin.

- El complejo lagunal de El Porcal, en el término municipal de Rivas-Vaciamadrid, y la de las Arriadas en Ciempozuelos, como Zonas de Reserva Integral (Zonas A) del dentro de los límites del Parque Regional del Sureste, salvo con fines de investigación debidamente autorizado.

- El resto del perímetro del embalse de Pedrezuela que no se define como acotado en el Anexo II.

- El río Henares a su paso por la finca “El Encín”, como protección de la realidad física y biológica del espacio natural “Soto del Henares”, de conformidad con el Decreto 169/2000, de 13 de julio, por el que se establece su régimen de protección preventiva.

- El tramo del río Aulencia, aguas abajo del embalse de Valmayor, hasta su confluencia con el río Guadarrama.

- El tramo del río Guadarrama, definido entre el cruce con la carretera M-519 hasta la desembocadura del río Aulencia.

- El tramo de los primeros 100 metros del río Alberche, desde aguas abajo de la presa del embalse de San Juan, y los 200 metros próximos a la presa de Picadas en ambos márgenes.

- Arroyo de Navahuerta que discurre por los Términos Municipales de El Boalo, Manzanares el Real, Becerril y Colmenar Viejo.