- Rio Duratón en el término de Somosierra.

- Río Jarama, desde su nacimiento hasta su confluencia con el arroyo de las Huelgas, en el límite con la provincia de Guadalajara, y todos los arroyos que confluyen en él en este tramo.

- Arroyo de Miraflores o de la Morcuera, desde su nacimiento hasta la unión con el arroyo del Valle, en el término municipal de Guadalix de la Sierra y cuenca hidrográfica correspondiente al citado arroyo.

- Río Lozoya, desde su nacimiento hasta el muro del embalse de Puentes Viejas y cuenca hidrográfica comprendida en dicho tramo.

- La vertiente Norte del resto del curso del río Lozoya aguas abajo desde el muro del embalse de Puentes Viejas a exclusión de la totalidad del embalse de El Atazar.

- Río Manzanares y su cuenca hidrográfica, desde su nacimiento hasta la desembocadura en el embalse de Santillana, así como todos los cursos de agua que vierten a dicho embalse, con exclusión del río Samburiel. No se considera incluido el perímetro del embalse. Se incluye el río Navacerrada y su cuenca hidrográfica, desde su nacimiento hasta el muro del embalse de Navacerrada.

- El río de la Venta y río de los Puentes, desde su nacimiento hasta la unión de ambos en el término municipal de Cercedilla.

- El río Guadarrama hasta la entrada en el término municipal de Collado Villalba y todos sus afluentes, incluido el embalse truchero de La Jarosa en Guadarrama.

- El río Aceña y el margen izquierdo del río Cofio desde su entrada en la Comunidad de Madrid hasta el punto de unión con la carretera M-505 que une las poblaciones de El Escorial y Las Navas del Marqués (Ávila) y todos los afluentes que vierten a dichos ríos en los mencionados tramos.