Sus poblaciones están muy fragmentadas y en continuo declive. La población de la cuenca del Guadalquivir parece haber desaparecido por los vertidos de Azuaga. Se observa una reducción drástica tanto en su área de distribución global como en el número de l ocalidades en los últimos 10 años, debido a la introducción de especies exóticas especialmente del Black bass (Micropterus salmoides), el pez sol (Lepomis gibbosus) y el cangrejo americano (Procambarus clarkii). Está última especie no depreda sobre el jarabugo pero aumenta la turbidez de los arroyos, dando lugar a la desaparición de una parte importante de las fanerógamas acuáticas que constituyen las zonas de refugio y reproducción de la especie. Presenta un área de ocupación en España menor de 100 Km2 y en un declive continuado tanto en su distribución como en el número de individuos. Figura como de “especial interés” en el Catalogo Nacional de Especies Amenazadas, Real Decreto 439/90. Catalogada como “En Peligro de Extinción” en el Anejo I del catálogo regional de especies amenazadas de Extremadura, ley 8/1998 de 26 de junio. Catalogada como “Vulnerable” en el catálogo regional de especies amenazadas de Castilla-La Mancha, decreto 33/1998 del 5 de mayo. Citada como “En Peligro” en el Libro Rojo de los Vertebrados Españoles y en el libro vermelho de los vertebrados de Portugal.