Al ser una especie bentónica, de baja capacidad natatoria, adaptada a cauces medios y bajos de los ríos, ha sufrido una gran reducción de sus poblaciones por depredación de las especies exóticas introducidas en su hábitat durante los últimos años. Entre las especies depredadoras cabe destacar el Black-bass (Micropterus salmoides), el Lucio (Esox lucius) y el pez gato (Ictalurus melas). Algunos estudios recientes en las lagunas de Ruidera han confirmado la importancia de la depredación de estas especies para la conservación de las poblaciones de Salaria fluviatilis. También las obras hidráulicas y la contaminación por vertidos de la parte baja de la cuenca del Ebro han influido en su declive. Se estima por datos históricos y observaciones directas que se ha reducido la población en al menos el 50% de su área de presencia y ocupación. La extensión de su área de ocupación conocida es menor de100 km2 las poblaciones se encuentran severamente fragmentadas sin actual intercambio genético entre ellas ni esperable en los próximos años y en un declive continuo fácilmente observable por la reducción de su área de ocupación, extensión de su presencia, calidad de su hábitat y el número de localidades. Esta especie era conocida de numerosos lugares tanto del bajo Ebro, como del Segura, cuenca del Júcar y Guadiana donde la especie ha desaparecido. La alteración de su hábitat es fácilmente contrastable por el aumento de infraestructuras hidráulicas que lo han destruido de forma prácticamente irreversible. Catalogada como de “Especial Interés” en el Anejo II del Real Decreto 439/90 por el que se regula el Catálogo Nacional de Especies Amenazadas. Catalogada como “En Peligro de Extinción” en el Anejo I del catálogo regional de especies amenazadas de Extremadura, ley 8/1998 de 26 de junio. Catalogada como D en el Anejo II de las especies protegidas de fauna salvaje autóctona, ley 3/88 de protección de animales de Cataluña. Catalogada como “En Peligro de Extinción” en el Anejo del catálogo de especies amenazadas de Aragón, decreto 49/1995 de 28 de marzo. Catalogada como “En Peligro de Extinción” en el catálogo regional de especies amenazadas de flora y fauna silvestre de la Rioja, decreto 44/1998 de 10 de julio. Catalogada como “En Peligro de Extinción” en el catálogo vasco de especies amenazadas de la fauna y flora silvestre y marina decreto 167/1996, de 9 de julio. Figura como “En Peligro de Extinción” en el Libro Rojo de los Vertebrados Españoles.